NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
434074 |
2jvw   |
15491 | cing | 3-converted-DOCR | STAR | entry | full | 1625 |
data_DOCR_restraints_with_modified_coordinates_PDB_code_2jvw
# This DOCR archive file contains, for PDB entry <2jvw>:
#
# - Coordinates and sequence information from the PDB mmCIF file
# - NMR restraints from the PDB MR file
#
# In this file, the coordinates and NMR restraints share the same atom names,
# and in this way can differ from the data deposited at the wwPDB. To achieve
# this aim, the NMR restraints were parsed from their original format files, and
# the coordinates and NMR restraints information were subsequently harmonized.
#
# Due to the complexity of this harmonization process, minor modifications could
# have occurred to the NMR restraints information, or data could have been lost
# because of parsing or conversion errors. The PDB file remains the
# authoritative reference for the atomic coordinates and the originally deposited
# restraints files remain the primary reference for these data.
#
# This file is generated at the BioMagResBank (BMRB) in collaboration with the
# PDBe (formerly MSD) group at the European Bioinformatics Institute (EBI) and
# the CMBI/IMM group at the Radboud University of Nijmegen.
#
# Several software packages were used to produce this file:
#
# - Wattos (BMRB and CMBI/IMM).
# - FormatConverter and NMRStarExport (PDBe).
# - CCPN framework (http://www.ccpn.ac.uk/).
#
# More information about this process can be found in the references below.
# Please cite the original reference for this PDB entry.
#
# JF Doreleijers, A Nederveen, W Vranken, J Lin, AM Bonvin, R Kaptein, JL
# Markley, and EL Ulrich (2005). BioMagResBank databases DOCR and FRED
# containing converted and filtered sets of experimental NMR restraints and
# coordinates from over 500 protein PDB structures. J. Biomol. NMR 32, 1-12.
#
# WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL
# Markley, J Ionides, ED Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy:
# development of a software pipeline. Proteins 59, 687-696.
#
# JF Doreleijers, W Vranken, C Penkett, J Lin, CF Schulte, G Vuister, G Vriend,
# JL Markley, EL Ulrich. BioMagResBank database `NMR Restraints Grid` with
# curated sets of experimental NMR restraints for over 4,000 protein and nucleic
# acid PDB entries. (in preparation)
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.Sf_framecode entry_information
_Entry.ID rr_2jvw
_Entry.Title "wwPDB remediated NMR restraints for PDB entry 2jvw"
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype solution
_Entry.Details "Contains the remediated restraint lists and coordinates for PDB entry 2jvw"
save_
save_assembly
_Assembly.Sf_category assembly
_Assembly.Sf_framecode assembly
_Assembly.Entry_ID rr_2jvw
_Assembly.ID 1
_Assembly.Name 2jvw
_Assembly.Number_of_components 1
_Assembly.Organic_ligands 0
_Assembly.Metal_ions 0
_Assembly.Non_standard_bonds no
_Assembly.Paramagnetic no
_Assembly.Thiol_state "all free"
_Assembly.Molecular_mass 10736.4174
loop_
_Entity_assembly.ID
_Entity_assembly.Entity_assembly_name
_Entity_assembly.Entity_ID
_Entity_assembly.Entity_label
_Entity_assembly.Asym_ID
_Entity_assembly.PDB_chain_ID
_Entity_assembly.Experimental_data_reported
_Entity_assembly.Physical_state
_Entity_assembly.Conformational_isomer
_Entity_assembly.Chemical_exchange_state
_Entity_assembly.Magnetic_equivalence_group_code
_Entity_assembly.Role
_Entity_assembly.Details
_Entity_assembly.Entry_ID
_Entity_assembly.Assembly_ID
1 "Uncharacterized protein" 1 $Uncharacterized_protein A . no . . . . . . rr_2jvw 1
stop_
save_
save_Uncharacterized_protein
_Entity.Sf_category entity
_Entity.Sf_framecode Uncharacterized_protein
_Entity.Entry_ID rr_2jvw
_Entity.ID 1
_Entity.Name Uncharacterized_protein
_Entity.Type polymer
_Entity.Polymer_type polypeptide(L)
_Entity.Polymer_strand_ID A
_Entity.Polymer_seq_one_letter_code
;MALIMTQQNNPLHGITLQKL
LTELVEHYGWEELSYMVNIN
CFKKDPSIKSSLKFLRKTDW
ARERVENIYLKLQRHKERNQ
LEHHHHHH
;
_Entity.Ambiguous_conformational_states no
_Entity.Ambiguous_chem_comp_sites no
_Entity.Nstd_monomer no
_Entity.Nstd_chirality no
_Entity.Nstd_linkage no
_Entity.Number_of_monomers 88
_Entity.Paramagnetic no
_Entity.Thiol_state "all free"
_Entity.Parent_entity_ID 1
_Entity.Formula_weight 10736.4174
loop_
_Entity_comp_index.ID
_Entity_comp_index.Auth_seq_ID
_Entity_comp_index.Comp_ID
_Entity_comp_index.Comp_label
_Entity_comp_index.Entry_ID
_Entity_comp_index.Entity_ID
1 . MET . rr_2jvw 1
2 . ALA . rr_2jvw 1
3 . LEU . rr_2jvw 1
4 . ILE . rr_2jvw 1
5 . MET . rr_2jvw 1
6 . THR . rr_2jvw 1
7 . GLN . rr_2jvw 1
8 . GLN . rr_2jvw 1
9 . ASN . rr_2jvw 1
10 . ASN . rr_2jvw 1
11 . PRO . rr_2jvw 1
12 . LEU . rr_2jvw 1
13 . HIS . rr_2jvw 1
14 . GLY . rr_2jvw 1
15 . ILE . rr_2jvw 1
16 . THR . rr_2jvw 1
17 . LEU . rr_2jvw 1
18 . GLN . rr_2jvw 1
19 . LYS . rr_2jvw 1
20 . LEU . rr_2jvw 1
21 . LEU . rr_2jvw 1
22 . THR . rr_2jvw 1
23 . GLU . rr_2jvw 1
24 . LEU . rr_2jvw 1
25 . VAL . rr_2jvw 1
26 . GLU . rr_2jvw 1
27 . HIS . rr_2jvw 1
28 . TYR . rr_2jvw 1
29 . GLY . rr_2jvw 1
30 . TRP . rr_2jvw 1
31 . GLU . rr_2jvw 1
32 . GLU . rr_2jvw 1
33 . LEU . rr_2jvw 1
34 . SER . rr_2jvw 1
35 . TYR . rr_2jvw 1
36 . MET . rr_2jvw 1
37 . VAL . rr_2jvw 1
38 . ASN . rr_2jvw 1
39 . ILE . rr_2jvw 1
40 . ASN . rr_2jvw 1
41 . CYS . rr_2jvw 1
42 . PHE . rr_2jvw 1
43 . LYS . rr_2jvw 1
44 . LYS . rr_2jvw 1
45 . ASP . rr_2jvw 1
46 . PRO . rr_2jvw 1
47 . SER . rr_2jvw 1
48 . ILE . rr_2jvw 1
49 . LYS . rr_2jvw 1
50 . SER . rr_2jvw 1
51 . SER . rr_2jvw 1
52 . LEU . rr_2jvw 1
53 . LYS . rr_2jvw 1
54 . PHE . rr_2jvw 1
55 . LEU . rr_2jvw 1
56 . ARG . rr_2jvw 1
57 . LYS . rr_2jvw 1
58 . THR . rr_2jvw 1
59 . ASP . rr_2jvw 1
60 . TRP . rr_2jvw 1
61 . ALA . rr_2jvw 1
62 . ARG . rr_2jvw 1
63 . GLU . rr_2jvw 1
64 . ARG . rr_2jvw 1
65 . VAL . rr_2jvw 1
66 . GLU . rr_2jvw 1
67 . ASN . rr_2jvw 1
68 . ILE . rr_2jvw 1
69 . TYR . rr_2jvw 1
70 . LEU . rr_2jvw 1
71 . LYS . rr_2jvw 1
72 . LEU . rr_2jvw 1
73 . GLN . rr_2jvw 1
74 . ARG . rr_2jvw 1
75 . HIS . rr_2jvw 1
76 . LYS . rr_2jvw 1
77 . GLU . rr_2jvw 1
78 . ARG . rr_2jvw 1
79 . ASN . rr_2jvw 1
80 . GLN . rr_2jvw 1
81 . LEU . rr_2jvw 1
82 . GLU . rr_2jvw 1
83 . HIS . rr_2jvw 1
84 . HIS . rr_2jvw 1
85 . HIS . rr_2jvw 1
86 . HIS . rr_2jvw 1
87 . HIS . rr_2jvw 1
88 . HIS . rr_2jvw 1
stop_
loop_
_Entity_poly_seq.Hetero
_Entity_poly_seq.Mon_ID
_Entity_poly_seq.Num
_Entity_poly_seq.Comp_index_ID
_Entity_poly_seq.Entry_ID
_Entity_poly_seq.Entity_ID
. MET 1 1 rr_2jvw 1
. ALA 2 2 rr_2jvw 1
. LEU 3 3 rr_2jvw 1
. ILE 4 4 rr_2jvw 1
. MET 5 5 rr_2jvw 1
. THR 6 6 rr_2jvw 1
. GLN 7 7 rr_2jvw 1
. GLN 8 8 rr_2jvw 1
. ASN 9 9 rr_2jvw 1
. ASN 10 10 rr_2jvw 1
. PRO 11 11 rr_2jvw 1
. LEU 12 12 rr_2jvw 1
. HIS 13 13 rr_2jvw 1
. GLY 14 14 rr_2jvw 1
. ILE 15 15 rr_2jvw 1
. THR 16 16 rr_2jvw 1
. LEU 17 17 rr_2jvw 1
. GLN 18 18 rr_2jvw 1
. LYS 19 19 rr_2jvw 1
. LEU 20 20 rr_2jvw 1
. LEU 21 21 rr_2jvw 1
. THR 22 22 rr_2jvw 1
. GLU 23 23 rr_2jvw 1
. LEU 24 24 rr_2jvw 1
. VAL 25 25 rr_2jvw 1
. GLU 26 26 rr_2jvw 1
. HIS 27 27 rr_2jvw 1
. TYR 28 28 rr_2jvw 1
. GLY 29 29 rr_2jvw 1
. TRP 30 30 rr_2jvw 1
. GLU 31 31 rr_2jvw 1
. GLU 32 32 rr_2jvw 1
. LEU 33 33 rr_2jvw 1
. SER 34 34 rr_2jvw 1
. TYR 35 35 rr_2jvw 1
. MET 36 36 rr_2jvw 1
. VAL 37 37 rr_2jvw 1
. ASN 38 38 rr_2jvw 1
. ILE 39 39 rr_2jvw 1
. ASN 40 40 rr_2jvw 1
. CYS 41 41 rr_2jvw 1
. PHE 42 42 rr_2jvw 1
. LYS 43 43 rr_2jvw 1
. LYS 44 44 rr_2jvw 1
. ASP 45 45 rr_2jvw 1
. PRO 46 46 rr_2jvw 1
. SER 47 47 rr_2jvw 1
. ILE 48 48 rr_2jvw 1
. LYS 49 49 rr_2jvw 1
. SER 50 50 rr_2jvw 1
. SER 51 51 rr_2jvw 1
. LEU 52 52 rr_2jvw 1
. LYS 53 53 rr_2jvw 1
. PHE 54 54 rr_2jvw 1
. LEU 55 55 rr_2jvw 1
. ARG 56 56 rr_2jvw 1
. LYS 57 57 rr_2jvw 1
. THR 58 58 rr_2jvw 1
. ASP 59 59 rr_2jvw 1
. TRP 60 60 rr_2jvw 1
. ALA 61 61 rr_2jvw 1
. ARG 62 62 rr_2jvw 1
. GLU 63 63 rr_2jvw 1
. ARG 64 64 rr_2jvw 1
. VAL 65 65 rr_2jvw 1
. GLU 66 66 rr_2jvw 1
. ASN 67 67 rr_2jvw 1
. ILE 68 68 rr_2jvw 1
. TYR 69 69 rr_2jvw 1
. LEU 70 70 rr_2jvw 1
. LYS 71 71 rr_2jvw 1
. LEU 72 72 rr_2jvw 1
. GLN 73 73 rr_2jvw 1
. ARG 74 74 rr_2jvw 1
. HIS 75 75 rr_2jvw 1
. LYS 76 76 rr_2jvw 1
. GLU 77 77 rr_2jvw 1
. ARG 78 78 rr_2jvw 1
. ASN 79 79 rr_2jvw 1
. GLN 80 80 rr_2jvw 1
. LEU 81 81 rr_2jvw 1
. GLU 82 82 rr_2jvw 1
. HIS 83 83 rr_2jvw 1
. HIS 84 84 rr_2jvw 1
. HIS 85 85 rr_2jvw 1
. HIS 86 86 rr_2jvw 1
. HIS 87 87 rr_2jvw 1
. HIS 88 88 rr_2jvw 1
stop_
save_
save_conformer_statistics
_Conformer_stat_list.Sf_category conformer_statistics
_Conformer_stat_list.Sf_framecode conformer_statistics
_Conformer_stat_list.Entry_ID rr_2jvw
_Conformer_stat_list.ID 1
_Conformer_stat_list.Conf_family_coord_set_ID 1
_Conformer_stat_list.Conf_family_coord_set_label $Original_constraints_and_structures
_Conformer_stat_list.Conformer_submitted_total_num 20
save_
save_ensemble_of_conformers
_Conformer_family_coord_set.Sf_category conformer_family_coord_set
_Conformer_family_coord_set.Sf_framecode ensemble_of_conformers
_Conformer_family_coord_set.Entry_ID rr_2jvw
_Conformer_family_coord_set.ID 1
loop_
_Conformer_family_refinement.Refine_method
_Conformer_family_refinement.Refine_details
_Conformer_family_refinement.Software_ID
_Conformer_family_refinement.Software_label
_Conformer_family_refinement.Entry_ID
_Conformer_family_refinement.Conformer_family_coord_set_ID
1 . . . rr_2jvw 1
stop_
loop_
_Conformer_family_software.Software_ID
_Conformer_family_software.Software_label
_Conformer_family_software.Method_ID
_Conformer_family_software.Method_label
_Conformer_family_software.Entry_ID
_Conformer_family_software.Conformer_family_coord_set_ID
. . . . rr_2jvw 1
stop_
loop_
_Atom_site.Assembly_ID
_Atom_site.Model_ID
_Atom_site.Model_site_ID
_Atom_site.ID
_Atom_site.Assembly_atom_ID
_Atom_site.Label_entity_assembly_ID
_Atom_site.Label_entity_ID
_Atom_site.Label_comp_index_ID
_Atom_site.Label_comp_ID
_Atom_site.Label_atom_ID
_Atom_site.Type_symbol
_Atom_site.Cartn_x
_Atom_site.Cartn_y
_Atom_site.Cartn_z
_Atom_site.Cartn_x_esd
_Atom_site.Cartn_y_esd
_Atom_site.Cartn_z_esd
_Atom_site.Occupancy
_Atom_site.Occupancy_esd
_Atom_site.Uncertainty
_Atom_site.Ordered_flag
_Atom_site.Footnote_ID
_Atom_site.PDBX_label_asym_ID
_Atom_site.PDBX_label_seq_ID
_Atom_site.PDBX_label_comp_ID
_Atom_site.PDBX_label_atom_ID
_Atom_site.PDBX_formal_charge
_Atom_site.PDBX_label_entity_ID
_Atom_site.PDB_record_ID
_Atom_site.PDB_model_num
_Atom_site.PDB_strand_ID
_Atom_site.PDB_ins_code
_Atom_site.PDB_residue_no
_Atom_site.PDB_residue_name
_Atom_site.PDB_atom_name
_Atom_site.Auth_entity_assembly_ID
_Atom_site.Auth_asym_ID
_Atom_site.Auth_chain_ID
_Atom_site.Auth_seq_ID
_Atom_site.Auth_comp_ID
_Atom_site.Auth_atom_ID
_Atom_site.Auth_alt_ID
_Atom_site.Auth_atom_name
_Atom_site.Details
_Atom_site.Entry_ID
_Atom_site.Conformer_family_coord_set_ID
. 1 . 1 . 1 1 1 MET C C 14.715 -3.252 -17.824 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET C . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 2 . 1 1 1 MET CA C 13.979 -2.033 -18.396 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET CA . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 3 . 1 1 1 MET CB C 14.428 -0.760 -17.658 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET CB . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 4 . 1 1 1 MET CE C 16.181 1.810 -17.280 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET CE . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 5 . 1 1 1 MET CG C 13.929 0.533 -18.290 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET CG . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 6 . 1 1 1 MET H1 H 12.207 -3.059 -18.820 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET H1 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 7 . 1 1 1 MET H2 H 12.020 -1.382 -18.743 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET H2 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 8 . 1 1 1 MET H3 H 12.199 -2.278 -17.321 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET H3 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 9 . 1 1 1 MET HA H 14.243 -1.937 -19.441 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HA . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 10 . 1 1 1 MET HB2 H 14.064 -0.800 -16.641 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HB2 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 11 . 1 1 1 MET HB3 H 15.508 -0.732 -17.640 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HB3 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 12 . 1 1 1 MET HE1 H 16.614 2.649 -16.757 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HE1 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 13 . 1 1 1 MET HE2 H 16.578 1.768 -18.284 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HE2 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 14 . 1 1 1 MET HE3 H 16.425 0.895 -16.759 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HE3 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 15 . 1 1 1 MET HG2 H 14.345 0.617 -19.283 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HG2 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 16 . 1 1 1 MET HG3 H 12.852 0.496 -18.355 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET HG3 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 17 . 1 1 1 MET N N 12.500 -2.198 -18.313 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET N . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 18 . 1 1 1 MET O O 14.891 -3.373 -16.609 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET O . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 19 . 1 1 1 MET SD S 14.398 2.001 -17.348 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 1 MET SD . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 20 . 1 1 2 ALA C C 17.315 -4.934 -17.809 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA C . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 21 . 1 1 2 ALA CA C 15.919 -5.336 -18.307 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA CA . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 22 . 1 1 2 ALA CB C 16.032 -6.318 -19.470 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA CB . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 23 . 1 1 2 ALA H H 14.910 -4.038 -19.656 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA H . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 24 . 1 1 2 ALA HA H 15.390 -5.829 -17.502 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA HA . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 25 . 1 1 2 ALA HB1 H 15.044 -6.575 -19.824 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA HB1 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 26 . 1 1 2 ALA HB2 H 16.541 -7.213 -19.138 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA HB2 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 27 . 1 1 2 ALA HB3 H 16.594 -5.865 -20.274 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA HB3 . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 28 . 1 1 2 ALA N N 15.137 -4.159 -18.708 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA N . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 29 . 1 1 2 ALA O O 17.949 -5.659 -17.038 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 2 ALA O . . . . . . . . . rr_2jvw 1
. 1 . 30 . 1 1 3 LEU C C 18.999 -2.907 -16.297 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . A . 3 LEU C . . . . . . . . . rr_2jvw 1
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;Final combined constraints used in the CNS refinement of VfR117
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;
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2 1 . . 1 1 21 21 LEU H H . . . 1 1 17 17 LEU O O . . . . . 1.8 1.5 2.3 . . . . . A . 17 LEU O . . A . 21 LEU H . . . 17 . O . . . . . 21 . HN . . rr_2jvw 3
3 1 . . 1 1 18 18 GLN O O . . . 1 1 22 22 THR N N . . . . . 2.8 2.4 3.3 . . . . . A . 18 GLN O . . A . 22 THR N . . . 18 . O . . . . . 22 . N . . rr_2jvw 3
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7 1 . . 1 1 20 20 LEU O O . . . 1 1 24 24 LEU N N . . . . . 2.8 2.4 3.3 . . . . . A . 20 LEU O . . A . 24 LEU N . . . 20 . O . . . . . 24 . N . . rr_2jvw 3
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created by NOESY_Assign Version 2.1.1 Copyright(C) 2005
;
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