NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
569576 |
2m5k   |
19058 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 2504 |
data_2m5k_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_2m5k
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_2m5k 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_2m5k
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 2m5k "Master copy" parsed_2m5k
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_2m5k
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 2m5k.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2m5k 1
1 2m5k.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 1120 parsed_2m5k 1
1 2m5k.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 632 parsed_2m5k 1
1 2m5k.mr . . XPLOR/CNS 4 distance "general distance" simple 176 parsed_2m5k 1
1 2m5k.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 576 parsed_2m5k 1
stop_
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save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_2m5k
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER PROTEIN FIBRIL 27-FEB-13 2M5K
*TITLE ATOMIC-RESOLUTION STRUCTURE OF A DOUBLET CROSS-BETA AMYLOID FIBRIL
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: TRANSTHYRETIN;
*COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D, E, F, G, H;
*COMPND 4 FRAGMENT: UNP RESIDUES 125-135;
*COMPND 5 SYNONYM: PREALBUMIN, TBPA;
*COMPND 6 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 ORGANISM_SCIENTIFIC: RATTUS NORVEGICUS;
*SOURCE 4 ORGANISM_COMMON: RAT;
*SOURCE 5 ORGANISM_TAXID: 10116
*KEYWDS AMYLOID FIBRIL, CROSS-BETA STRUCTURE, PROTEIN FIBRIL
*EXPDTA SOLID-STATE NMR; ELECTRON MICROSCOPY
*AUTHOR A.W.P.FITZPATRICK,G.T.DEBELOUCHINA,M.J.BAYRO,D.K.CLARE,M.A.CAPORINI,
*AUTHOR 2 V.S.BAJAJ,C.P.JARONIEC,L.WANG,V.LADIZHANSKY,S.MULLER,C.E.MACPHEE,
*AUTHOR 3 C.A.WAUDBY,H.R.MOTT,A.DE SIMONE,T.P.J.KNOWLES,H.R.SAIBIL,
*AUTHOR 4 M.VENDRUSCOLO,E.V.ORLOVA,R.G.GRIFFIN,C.M.DOBSON
*REVDAT 1 04-DEC-13 2M5K 0
# EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS USED
# TO DETERMINE THE STRUCTURE OF
# A DOUBLET AMYLOID FIBRIL FORMED
# BY TRANSTHYRETIN 105-115
# AMINO ACID SEQUENCE: YTIAALLSPYS
# CARBON-NITROGEN DISTANCE RESTRAINTS IN CNS FORMAT
# AMINO ACID SEQUENCE: YTIAALLSPYS
# 1:Y105,2:T106,3:I107,4:A108,5:A109,6:L110,7:L111,8:S112,9:P113,10:Y114
# 11:S115
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_2m5k
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_2m5k 1
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127 1 2 . . . . . . . . DA 7 . N parsed_2m5k 1
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128 1 2 . . . . . . . . DA 8 . N parsed_2m5k 1
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129 1 2 . . . . . . . . DA 7 . N parsed_2m5k 1
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130 1 2 . . . . . . . . DA 8 . N parsed_2m5k 1
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131 1 2 . . . . . . . . DA 7 . N parsed_2m5k 1
132 1 1 . . . . . . . . DA 7 . CD2 parsed_2m5k 1
132 1 2 . . . . . . . . DA 8 . N parsed_2m5k 1
133 1 1 . . . . . . . . DA 8 . C parsed_2m5k 1
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134 1 2 . . . . . . . . DA 9 . N parsed_2m5k 1
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135 1 2 . . . . . . . . DA 10 . N parsed_2m5k 1
136 1 1 . . . . . . . . DA 9 . CG parsed_2m5k 1
136 1 2 . . . . . . . . DA 9 . N parsed_2m5k 1
137 1 1 . . . . . . . . DA 9 . CG parsed_2m5k 1
137 1 2 . . . . . . . . DA 10 . N parsed_2m5k 1
138 1 1 . . . . . . . . DA 9 . CD parsed_2m5k 1
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142 1 2 . . . . . . . . EA 1 . N parsed_2m5k 1
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143 1 2 . . . . . . . . EA 2 . N parsed_2m5k 1
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145 1 2 . . . . . . . . EA 2 . N parsed_2m5k 1
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146 1 2 . . . . . . . . EA 3 . N parsed_2m5k 1
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147 1 2 . . . . . . . . EA 4 . N parsed_2m5k 1
148 1 1 . . . . . . . . EA 3 . CG1 parsed_2m5k 1
148 1 2 . . . . . . . . EA 3 . N parsed_2m5k 1
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149 1 2 . . . . . . . . EA 4 . N parsed_2m5k 1
150 1 1 . . . . . . . . EA 3 . CG2 parsed_2m5k 1
150 1 2 . . . . . . . . EA 3 . N parsed_2m5k 1
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151 1 2 . . . . . . . . EA 4 . N parsed_2m5k 1
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152 1 2 . . . . . . . . EA 3 . N parsed_2m5k 1
153 1 1 . . . . . . . . EA 3 . CD1 parsed_2m5k 1
153 1 2 . . . . . . . . EA 4 . N parsed_2m5k 1
154 1 1 . . . . . . . . EA 4 . C parsed_2m5k 1
154 1 2 . . . . . . . . EA 6 . N parsed_2m5k 1
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155 1 2 . . . . . . . . EA 5 . N parsed_2m5k 1
156 1 1 . . . . . . . . EA 5 . CB parsed_2m5k 1
156 1 2 . . . . . . . . EA 6 . N parsed_2m5k 1
157 1 1 . . . . . . . . EA 6 . CB parsed_2m5k 1
157 1 2 . . . . . . . . EA 7 . N parsed_2m5k 1
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158 1 2 . . . . . . . . EA 6 . N parsed_2m5k 1
159 1 1 . . . . . . . . EA 6 . CD1 parsed_2m5k 1
159 1 2 . . . . . . . . EA 7 . N parsed_2m5k 1
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162 1 2 . . . . . . . . EA 7 . N parsed_2m5k 1
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167 1 1 . . . . . . . . EA 7 . CD2 parsed_2m5k 1
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237 1 2 . . . . . . . . GA 8 . N parsed_2m5k 1
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253 1 2 . . . . . . . . HA 3 . N parsed_2m5k 1
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254 1 2 . . . . . . . . HA 4 . N parsed_2m5k 1
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255 1 2 . . . . . . . . HA 3 . N parsed_2m5k 1
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261 1 1 . . . . . . . . HA 5 . CB parsed_2m5k 1
261 1 2 . . . . . . . . HA 6 . N parsed_2m5k 1
262 1 1 . . . . . . . . HA 6 . CB parsed_2m5k 1
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263 1 2 . . . . . . . . HA 6 . N parsed_2m5k 1
264 1 1 . . . . . . . . HA 6 . CD1 parsed_2m5k 1
264 1 2 . . . . . . . . HA 7 . N parsed_2m5k 1
265 1 1 . . . . . . . . HA 7 . CA parsed_2m5k 1
265 1 2 . . . . . . . . HA 6 . N parsed_2m5k 1
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267 1 2 . . . . . . . . HA 7 . N parsed_2m5k 1
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271 1 2 . . . . . . . . HA 7 . N parsed_2m5k 1
272 1 1 . . . . . . . . HA 7 . CD2 parsed_2m5k 1
272 1 2 . . . . . . . . HA 8 . N parsed_2m5k 1
273 1 1 . . . . . . . . HA 8 . C parsed_2m5k 1
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275 1 2 . . . . . . . . HA 10 . N parsed_2m5k 1
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276 1 2 . . . . . . . . HA 9 . N parsed_2m5k 1
277 1 1 . . . . . . . . HA 9 . CG parsed_2m5k 1
277 1 2 . . . . . . . . HA 10 . N parsed_2m5k 1
278 1 1 . . . . . . . . HA 9 . CD parsed_2m5k 1
278 1 2 . . . . . . . . HA 8 . N parsed_2m5k 1
279 1 1 . . . . . . . . HA 10 . CG parsed_2m5k 1
279 1 2 . . . . . . . . HA 10 . N parsed_2m5k 1
280 1 1 . . . . . . . . HA 11 . CA parsed_2m5k 1
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285 1 1 . . . . . . . . BB 3 . CA parsed_2m5k 2
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413 1 2 . . . . . . . . GA 9 . CG parsed_2m5k 2
414 1 1 . . . . . . . . HB 4 . CB parsed_2m5k 2
414 1 2 . . . . . . . . HA 8 . N parsed_2m5k 2
415 1 1 . . . . . . . . HB 5 . N parsed_2m5k 2
415 1 2 . . . . . . . . HA 7 . CD1 parsed_2m5k 2
416 1 1 . . . . . . . . HB 5 . N parsed_2m5k 2
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544 1 2 . . . . . . . . EC 9 . CA parsed_2m5k 2
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stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
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_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
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_Dist_constraint_value.Entry_ID
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stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
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_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
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_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
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1
;
Inter peptide restraints for C-alpha -> C-alpha
Sheet 1
AA -> BA
;
1 1 5 12 parsed_2m5k 2
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8
;
Sheet 2
AB -> BB
;
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15
;
Inter peptide restraints for C-alpha -> C-alpha
Sheet 1
AA -> BA
;
290 1 294 12 parsed_2m5k 2
16 "BA -> CA" 314 1 314 12 parsed_2m5k 2
17 "CA -> DA" 334 1 334 12 parsed_2m5k 2
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20 "FA -> GA" 394 1 394 12 parsed_2m5k 2
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22
;
Sheet 2
AB -> BB
;
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23 "BB -> CB" 457 1 457 12 parsed_2m5k 2
24 "CB -> DB" 477 1 477 12 parsed_2m5k 2
25 "DB -> EB" 497 1 497 12 parsed_2m5k 2
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29
;
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
E -> A
;
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30
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
F -> B
;
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31
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
G -> C
;
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32
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
H -> D
;
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33
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
M -> I
;
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34
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
N -> J
;
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35
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
O -> K
;
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36
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
P -> L
;
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37
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
E -> A
;
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38
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
F -> B
;
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39
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
G -> C
;
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40
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
H -> D
;
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;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
M -> I
;
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42
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
N -> J
;
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;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
O -> K
;
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44
;
Inter-sheet restraints TEDOR and R-SQUARED
Sheet 1 and Sheet 2 (Interface 1)
P -> L
;
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45
;
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
S115 C -> Y105 N
;
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46
;
Inter-protofilament contact
Y105 N -> S115 C
;
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47 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 1513 1 1513 136 parsed_2m5k 2
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save_
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_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
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loop_
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_Dist_constraint_tree.Node_ID
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_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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