data_34407 ####################### # Entry information # ####################### save_entry_information _Saveframe_category entry_information _Entry_title ; Solution structure of the fourth WW domain of WWP2 with GB1-tag ; _BMRB_accession_number 34407 _BMRB_flat_file_name bmr34407.str _Entry_type original _Submission_date 2019-05-22 _Accession_date 2019-05-22 _Entry_origination author _NMR_STAR_version 2.1.1 _Experimental_method NMR _Details . loop_ _Author_ordinal _Author_family_name _Author_given_name _Author_middle_initials _Author_family_title 1 Wahl L. C. . 2 Watt J. E. . 3 Tolchard J. . . 4 Blumenschein T. 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E. . 3 Yim H. T.T. . 4 'De Bourcier' D. . . 5 Tolchard J. . . 6 Soond S. M. . 7 Blumenschein T. M.A. . 8 Chantry A. . . stop_ _Journal_abbreviation 'Int. J. Mol. Sci.' _Journal_volume 20 _Journal_issue 19 _Journal_ISSN 1422-0067 _Journal_CSD . _Book_chapter_title . _Book_volume . _Book_series . _Book_ISBN . _Conference_state_province . _Conference_abstract_number . _Page_first . _Page_last . _Year 2019 _Details . save_ ################################## # Molecular system description # ################################## save_assembly _Saveframe_category molecular_system _Mol_system_name 'NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP2 (E.C.2.3.2.26)' _Enzyme_commission_number . loop_ _Mol_system_component_name _Mol_label entity_1 $entity_1 stop_ _System_molecular_weight . _System_oligomer_state ? _System_paramagnetic no _System_thiol_state . _Database_query_date . _Details . save_ ######################## # Monomeric polymers # ######################## save_entity_1 _Saveframe_category monomeric_polymer _Mol_type polymer _Mol_polymer_class protein _Name_common entity_1 _Molecular_mass 11974.083 _Mol_thiol_state 'not present' _Details . ############################## # Polymer residue sequence # ############################## _Residue_count 109 _Mol_residue_sequence ; GSHMQYKLILNGKTLKGETT TEAVDAATAEKVFKQYANDN GVDGEWTYDDATKTYTVTEG SGGAGGQGMIQEPALPPGWE MKYTSEGVRYFVDHNTRTTT FKDPRPGFE ; loop_ _Residue_seq_code _Residue_label 1 GLY 2 SER 3 HIS 4 MET 5 GLN 6 TYR 7 LYS 8 LEU 9 ILE 10 LEU 11 ASN 12 GLY 13 LYS 14 THR 15 LEU 16 LYS 17 GLY 18 GLU 19 THR 20 THR 21 THR 22 GLU 23 ALA 24 VAL 25 ASP 26 ALA 27 ALA 28 THR 29 ALA 30 GLU 31 LYS 32 VAL 33 PHE 34 LYS 35 GLN 36 TYR 37 ALA 38 ASN 39 ASP 40 ASN 41 GLY 42 VAL 43 ASP 44 GLY 45 GLU 46 TRP 47 THR 48 TYR 49 ASP 50 ASP 51 ALA 52 THR 53 LYS 54 THR 55 TYR 56 THR 57 VAL 58 THR 59 GLU 60 GLY 61 SER 62 GLY 63 GLY 64 ALA 65 GLY 66 GLY 67 GLN 68 GLY 69 MET 70 ILE 71 GLN 72 GLU 73 PRO 74 ALA 75 LEU 76 PRO 77 PRO 78 GLY 79 TRP 80 GLU 81 MET 82 LYS 83 TYR 84 THR 85 SER 86 GLU 87 GLY 88 VAL 89 ARG 90 TYR 91 PHE 92 VAL 93 ASP 94 HIS 95 ASN 96 THR 97 ARG 98 THR 99 THR 100 THR 101 PHE 102 LYS 103 ASP 104 PRO 105 ARG 106 PRO 107 GLY 108 PHE 109 GLU stop_ _Sequence_homology_query_date . _Sequence_homology_query_revised_last_date . save_ #################### # Natural source # #################### save_natural_source _Saveframe_category natural_source loop_ _Mol_label _Organism_name_common _NCBI_taxonomy_ID _Superkingdom _Kingdom _Genus _Species _Gene_mnemonic $entity_1 Human 9606 Eukaryota Metazoa Homo sapiens WWP2 stop_ save_ ######################### # Experimental source # ######################### save_experimental_source _Saveframe_category experimental_source loop_ _Mol_label _Production_method _Host_organism_name_common _Genus _Species _Strain _Variant _Vector_type _Vector_name $entity_1 'recombinant technology' . . . . 'BL21 Star(DE3)' Plasmid pSKDuet01 stop_ save_ ##################################### # Sample contents and methodology # ##################################### ######################## # Sample description # ######################## save_sample_1 _Saveframe_category sample _Sample_type solution _Details '1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] WWP2 WW4 domain, 90% H2O/10% D2O' loop_ _Mol_label _Concentration_value _Concentration_value_units _Isotopic_labeling $entity_1 1.2 mM '[U-99% 13C; U-99% 15N]' Na2HPO4 20 mM 'natural abundance' NaCl 50 mM 'natural abundance' stop_ save_ save_sample_2 _Saveframe_category sample _Sample_type solution _Details '2.08 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] WWP2 WW4 domain, 90% H2O/10% D2O' loop_ _Mol_label _Concentration_value _Concentration_value_units _Isotopic_labeling $entity_1 2.08 mM '[U-99% 13C; U-99% 15N]' Na2HPO4 20 mM 'natural abundance' NaCl 50 mM 'natural abundance' stop_ save_ ############################ # Computer software used # ############################ save_software_1 _Saveframe_category software _Name TopSpin _Version . loop_ _Vendor _Address _Electronic_address 'Bruker Biospin' . . stop_ loop_ _Task collection stop_ _Details . save_ save_software_2 _Saveframe_category software _Name NMRPipe _Version . loop_ _Vendor _Address _Electronic_address 'Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax' . . stop_ loop_ _Task processing stop_ _Details . save_ save_software_3 _Saveframe_category software _Name 'CcpNmr Analysis' _Version . loop_ _Vendor _Address _Electronic_address CCPN . . stop_ loop_ _Task 'chemical shift assignment' 'peak picking' stop_ _Details . save_ save_software_4 _Saveframe_category software _Name ARIA _Version . loop_ _Vendor _Address _Electronic_address "Linge, O'Donoghue and Nilges" . . stop_ loop_ _Task refinement 'structure calculation' stop_ _Details . save_ ######################### # Experimental detail # ######################### ################################## # NMR Spectrometer definitions # ################################## save_NMR_spectrometer_1 _Saveframe_category NMR_spectrometer _Manufacturer Bruker _Model 'AVANCE III' _Field_strength 800 _Details . save_ save_NMR_spectrometer_2 _Saveframe_category NMR_spectrometer _Manufacturer Bruker _Model AVANCE _Field_strength 500 _Details . save_ ############################# # NMR applied experiments # ############################# save_2D_1H-15N_HSQC_1 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D 1H-15N HSQC' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_CBCA(CO)NH_2 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D CBCA(CO)NH' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_HNCACB_3 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D HNCACB' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_H(CCO)NH_4 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D H(CCO)NH' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_C(CO)NH_5 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D C(CO)NH' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_1H-15N_NOESY_6 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D 1H-15N NOESY' _Sample_label $sample_1 save_ save_2D_1H-13C_HSQC_7 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D 1H-13C HSQC' _Sample_label $sample_1 save_ save_3D_HCCH-TOCSY_8 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D HCCH-TOCSY' _Sample_label $sample_2 save_ save_3D_1H-13C_NOESY_9 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D 1H-13C NOESY' _Sample_label $sample_1 save_ save_2D_1H-1H_NOESY_aromatic_10 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D 1H-1H NOESY aromatic' _Sample_label $sample_2 save_ save_2D_HbCbCgCdHd_11 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D HbCbCgCdHd' _Sample_label $sample_2 save_ save_3D_CCH-TOCSY_12 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '3D CCH-TOCSY' _Sample_label $sample_2 save_ save_2D_1H-13C_TOCSY_aromatic_13 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D 1H-13C TOCSY aromatic' _Sample_label $sample_1 save_ save_2D_1H-13C_HSQC_aromatic_14 _Saveframe_category NMR_applied_experiment _Experiment_name '2D 1H-13C HSQC aromatic' _Sample_label $sample_1 save_ ####################### # Sample conditions # ####################### save_sample_conditions_1 _Saveframe_category sample_conditions _Details . loop_ _Variable_type _Variable_value _Variable_value_error _Variable_value_units 'ionic strength' 110 . mM pH 6.8 . pH pressure 1 . atm temperature 298 . K stop_ save_ #################### # NMR parameters # #################### ############################## # Assigned chemical shifts # ############################## ################################ # Chemical shift referencing # ################################ save_chem_shift_reference_1 _Saveframe_category chemical_shift_reference _Details . loop_ _Mol_common_name _Atom_type _Atom_isotope_number _Atom_group _Chem_shift_units _Chem_shift_value _Reference_method _Reference_type _External_reference_sample_geometry _External_reference_location _External_reference_axis _Indirect_shift_ratio DSS C 13 'methyl protons' ppm 0.000 internal indirect . . . 0.25144953 DSS H 1 'methyl protons' ppm 0.000 internal direct . . . 1.0 DSS N 15 'methyl protons' ppm 0.000 internal indirect . . . 0.10132912 stop_ save_ ################################### # Assigned chemical shift lists # ################################### ################################################################### # Chemical Shift Ambiguity Index Value Definitions # # # # The values other than 1 are used for those atoms with different # # chemical shifts that cannot be assigned to stereospecific atoms # # or to specific residues or chains. # # # # Index Value Definition # # # # 1 Unique (including isolated methyl protons, # # geminal atoms, and geminal methyl # # groups with identical chemical shifts) # # (e.g. ILE HD11, HD12, HD13 protons) # # 2 Ambiguity of geminal atoms or geminal methyl # # proton groups (e.g. ASP HB2 and HB3 # # protons, LEU CD1 and CD2 carbons, or # # LEU HD11, HD12, HD13 and HD21, HD22, # # HD23 methyl protons) # # 3 Aromatic atoms on opposite sides of # # symmetrical rings (e.g. TYR HE1 and HE2 # # protons) # # 4 Intraresidue ambiguities (e.g. LYS HG and # # HD protons or TRP HZ2 and HZ3 protons) # # 5 Interresidue ambiguities (LYS 12 vs. LYS 27) # # 6 Intermolecular ambiguities (e.g. ASP 31 CA # # in monomer 1 and ASP 31 CA in monomer 2 # # of an asymmetrical homodimer, duplex # # DNA assignments, or other assignments # # that may apply to atoms in one or more # # molecule in the molecular assembly) # # 9 Ambiguous, specific ambiguity not defined # # # ################################################################### save_assigned_chemical_shifts_1 _Saveframe_category assigned_chemical_shifts _Details . loop_ _Experiment_label '2D 1H-15N HSQC' '3D CBCA(CO)NH' '3D HNCACB' '3D H(CCO)NH' '3D C(CO)NH' '3D 1H-15N NOESY' '2D 1H-13C HSQC' '3D HCCH-TOCSY' '3D 1H-13C NOESY' '2D 1H-1H NOESY aromatic' '2D HbCbCgCdHd' '3D CCH-TOCSY' '2D 1H-13C TOCSY aromatic' '2D 1H-13C HSQC aromatic' stop_ loop_ _Sample_label $sample_1 $sample_2 stop_ _Sample_conditions_label $sample_conditions_1 _Chem_shift_reference_set_label $chem_shift_reference_1 _Mol_system_component_name entity_1 _Text_data_format . _Text_data . loop_ _Atom_shift_assign_ID _Residue_author_seq_code _Residue_seq_code _Residue_label _Atom_name _Atom_type _Chem_shift_value _Chem_shift_value_error _Chem_shift_ambiguity_code 1 3 3 HIS HA H 4.631 0.015 1 2 3 3 HIS HB2 H 2.998 0.011 2 3 3 3 HIS HB3 H 3.004 0.016 2 4 3 3 HIS HD2 H 6.852 0.004 1 5 3 3 HIS C C 174.908 0.009 1 6 3 3 HIS CA C 56.430 0.063 1 7 3 3 HIS CB C 31.270 0.059 1 8 3 3 HIS CD2 C 119.800 . 1 9 4 4 MET H H 8.444 0.004 1 10 4 4 MET HA H 4.650 0.006 1 11 4 4 MET HB2 H 1.947 0.006 2 12 4 4 MET HB3 H 2.012 0.018 2 13 4 4 MET HG2 H 2.398 0.008 2 14 4 4 MET HG3 H 2.472 0.009 2 15 4 4 MET C C 173.745 0.007 1 16 4 4 MET CA C 54.673 0.041 1 17 4 4 MET CB C 34.794 0.062 1 18 4 4 MET CG C 32.137 0.086 1 19 4 4 MET N N 120.669 0.023 1 20 5 5 GLN H H 8.039 0.004 1 21 5 5 GLN HA H 4.939 0.019 1 22 5 5 GLN HB2 H 2.044 0.007 2 23 5 5 GLN HB3 H 2.039 0.01 2 24 5 5 GLN HG2 H 2.177 0.01 2 25 5 5 GLN HG3 H 2.395 0.006 2 26 5 5 GLN HE21 H 7.801 0.003 1 27 5 5 GLN HE22 H 6.921 0.002 1 28 5 5 GLN C C 175.244 0.013 1 29 5 5 GLN CA C 55.846 0.025 1 30 5 5 GLN CB C 30.674 0.099 1 31 5 5 GLN CG C 35.236 0.091 1 32 5 5 GLN N N 119.910 0.02 1 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0.000 {?} {54.CB} 72.100 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {49.HB1} 2.623 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 1230886541.50000 0.00000 1 {?} 0 >>23 {99.HB} 3.931 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {99.CB} 71.404 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {99.HA} 5.304 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 2498509538.00000 0.00000 1 {?} 0 >>24 {99.HB} 3.931 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {99.CB} 71.373 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {90.HD#} 6.766 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 1386586268.50000 0.00000 1 {?} 0 >>25 {99.HB} 3.929 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {99.CB} 71.403 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {100.HN} 9.265 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 1506327078.75000 0.00000 1 {?} 0 >>26 {56.HB} 3.847 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {56.CB} 71.100 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {56.HG2#} 0.974 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 7950551464.00000 0.00000 1 {?} 0 >>27 {56.HB} 3.846 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {56.CB} 71.091 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {56.HA} 5.213 0.050 0.050 ? 0.000 {?} 2165060448.00000 0.00000 1 {?} 0 >>28 {56.HB} 3.847 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {56.CB} 71.102 0.050 0.050 ? 0.000 {?} {55.HA} 5.634 0.050 0.050 ? 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